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[转录组] 请教各位,怎么根据PCA结果剔除样本

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    发表于 2020.2.14 21:42:35 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    转录组测序我FDR检验差异基因个数过少(Pvalue倒是多,可是不能用啊),进一步观察相关性及PCA结果,发现各组样本三三两两混在一起,只能剔除部分样本(每组5个样,需剔除1-2个),才便于进行下一步分析。
    所以想两个问题:如何剔除才能更严谨,在被质疑的时候说的通?
    还有就是,我每只小鼠取了两个部位的标本(肝脏和脾脏)分开做转录组测序,这两批转录组pca不太一致。如果他们剔除的并非同一只小鼠来源,比如肝脏测序剔除处理组12,对照组23进行分析,脾脏测序剔除处理组45,对照组45这样会不会被质疑


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    发表于 5 天前 | 显示全部楼层
    1. 根据图中筛选离群样本(边剔除,边试,以结果为准); 2. 不同组织,可以允许剔除不同的个体。
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     楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2020.2.17 11:47
    1. 根据图中筛选离群样本(边剔除,边试,以结果为准); 2. 不同组织,可以允许剔除不同的个体。 ...

    多谢周老师!!!
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