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[smallRNA] 审稿人质疑microRNA测序P值的问题

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钵水母

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发表于 2018.5.12 22:33:35 | 显示全部楼层 |阅读模式

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由于检测到的差异表达基因较少,所以在写文章时候用的P值 而不是矫正后的P值,现在审稿人在问这个问题,该如何回答?
大家加油哇
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钵水母

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 楼主| 发表于 2018.5.12 22:36:36 | 显示全部楼层
microRNA 测序
大家加油哇
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版主

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突出贡献优秀版主论坛元老


发表于 2018.5.13 10:07:10 | 显示全部楼层
可能只能拿定量结果说事了
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发表于 2018.5.13 10:35:23 | 显示全部楼层
用PCR结果证明差异分析的准确性。
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帝王蝶

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发表于 2018.5.13 19:53:29 | 显示全部楼层
同意楼上,定量才是核酸测序的金标准!
干活儿
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发表于 2018.5.14 09:24:37 | 显示全部楼层
一茶道人 发表于 2018.5.13 19:53
同意楼上,定量才是核酸测序的金标准!

顶楼上的楼上
新的一天加油!
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活跃会员论坛元老


发表于 2018.5.15 12:59:59 | 显示全部楼层
1)解释原因: 生物学重复间的变异比较大,在有限的生物重复样本数(3个?)的情况下,的确检测出来的P值显著性达不到 多重检验校正的显著性标准。

2)解释自己的解决方案:
    对于以上的情况,最有效的解决方案是直接增加检测的样本数。但增加样本进行NGS测序的话,无疑会提高成本。而这个成本目前是我无法负担的。因此,我采取的方案是:
    1)放松了显著性的标准。使用 Nominal P value(即 P value的原始值)替代 Q value(即,多重检验矫正后的P值)
    2)对得的的差异miRNA,进一步使用Qpcr在更多样本中进行验证,保证结果的可靠性。
新的一天加油!
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钵水母

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 楼主| 发表于 2018.5.17 09:31:23 | 显示全部楼层
谢谢大家
大家加油哇
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