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[其他] 新书偷跑——m6A研究套路与项目设计(三)

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    发表于 2019.10.28 09:34:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
    距离上一次分享的周老师的文章m6A研究套路与项目设计一段时间了,今天终于分享到第三部分。如果忘记了前面的内容,赶紧点击蓝字看看前情提要吧~

    高分文章的要点

    上次我们分享的都是高分文章,那么这些高分文章都有什么特点呢。在本书序文中,我们谈到纯组学驱动(干实验)要发好文章,对没有任何生信基础的人来说太难了。干实验和湿实验(分子实验)结合,才是对大部分科研人员最好的文章设计方式。

    在本书文章《手把手教你发表临床基础SCI》中,我们介绍了一个经典的分子机制研究文章,需要包含哪些要素。这个套路实际上可以推广到任何分子生物学研究。在这基础上,我们可以来分析目前m6A高分文章都有哪些特点,当然以下的总结对其他多组学研究也适用。

    (1)逻辑完整性


    基因调控的逻辑,简化后的模型就是:A基因通过B通路影响C性状/疾病的D功能。在m6A上,体现的逻辑就是我们上文提到的A→F的6个节点。

    我们的研究要告诉别人一个完整的故事,即使没法做到包括全部6个节点,至少也要包括其中大部分节点。不然,整个逻辑链中有大量空白,自然很难上好文章。


    图1 m6A调控文章的框架逻辑

    (2)证据可靠性


    干实验负责推导可能性,湿实验负责证明推导的正确性。测序和生物信息分析可以串联起A→F六个节点的可能路径。但也仅仅是可能,是否真实如此,只能用分子生物学实验来论证。

    越是高分的文章,越是重视证据的可靠性,A→F的每个步骤,几乎都会保证两种或两种以上证据的支持,例如用两种细胞系、两个不同人群、两种定量方法的验证作者的发现。


    (3)研究创新性

    以上两点,拼的是工作量(当然,工作量也是有很高门槛的),而创新性则强调“巧劲”,从而达到事半功倍的效果。

    好文章创新性上,可以从3个维度解读:


    a)临床意义

    目前m6A文章较多与医学相关。如果发现通路上的某个节点(例如甲基化酶或靶基因),有明确的临床意义,会影响预后,可以潜在作为治疗靶点,那么就有很大的意义。推广到动植物研究上,将m6A变化关联到种子萌发、开花、胚胎发育、产量等重要的性状上,无疑会让文章更有意义。

    b)基础研究的新意——发现新的分子

    目前m6A通路的上游(例如,甲基化复合物的构成成分)和下游(例如,新阅读蛋白以及作用机制)还有大量未知待发现。而如果是非人类物种,连基础的甲基化/去甲基化酶或许都没有被报道。找到一两个新分子,且有分子生物学验证,就可以构成很大的亮点。

    c) 多组学贯穿-引入新的组学
    m6A-seq本身属于比较新的领域,再加入其他创新性的组学,无疑可以进一步让文章脱颖而出。其中,翻译组无疑是与m6A-seq配合性最好的组学之一。


    当然,也不是说所有的文章都需要向高分文章一样面面俱到。对于新的组学技术,如果目标是发5分以下的文章,只要做下数据的罗列和描述基本就足够了,而不需要太多分子实验验证(新组学已经是基础创新点了)。这对急着发文章的老师来说,也是一种选择。


    例如这篇发表在BMC genomics上的研究猪肌肉和脂肪组织m6A修饰特性的文章[1]。这篇文章内容结构就相对十分简单。


    i)按照m6A途径A→F的6个节点,这篇文章基本集中在节点C——修饰变化,讨论不同品种猪肌肉和脂肪的m6A修饰差异。


    ii)文章内容集中于组学数据的描述性讨论,没有往分子实验的方向展开。


    这种文章结构对于想速发文章而不追求太高影响因子的老师来说,也是一种选择。



    图2 相对结构简单的范例文章模式


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    参考文献

    [1] Tao X, Chen J, Jiang Y, et al.Transcriptome-wide N 6-methyladenosine methylome profiling of porcine muscleand adipose tissues reveals a potential mechanism for transcriptionalregulation and differential methylation pattern[J]. BMC genomics, 2017, 18(1):336.

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