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[流程分析] 基因家族分析流程 三

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    发表于 2020.2.18 11:22:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
    原网址:http://www.360doc.com/content/16/1013/08/35684706_598031951.shtml
    本节主要讲基因结构分析套路

    1、Motif分析

    使用软件MEME,命令如下:
      meme sample.fa -dna –revcomp -nmotifs 10  -mod zoops -minw 6-maxw 50>meme_htmlFormat.html
    2、基因结构分布图

    可以使用在线网站GSDS2.0:website:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
    用法如下:

    结果展示
    3、基因结构常见统计信息:自己excel或写程序统计
       a. The number of intron andexon.
       b. The splicing intronpattern inculding 0,1,2 phase.
       c. The marked region. Forexample kinase domain.
       d. sequence length.
       e. UTR.
    4、启动子分析。
    网站:主要做植物的:
    http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

    注意事项:
    a. IE brower.
    b. Only one sequence for oncesearch and the length was limited in 1000 bp.
    c. DNA sequence origin: 1000 or1500 bp upstream of ATG of one gene.
    分析结果:




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  • TA的每日心情

    2020.2.22 18:08
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    [LV.4]偶尔看看III

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    发表于 2020.2.19 01:05:10 | 显示全部楼层
    真棒!顶一个!
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     楼主| 发表于 2020.2.22 15:09:00 | 显示全部楼层
    一周做图,一个月出文章!
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