查看: 569|回复: 2

[转录组] 6个发育时期转录组测序,是否要剔除其中1个时期

[复制链接]

该用户从未签到

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
1
奥币
63
积分
20
注册时间
2019.9.16
在线时间
14 小时

发表于 2020.2.19 13:15:57 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,享用更多功能,让你轻松玩转社区。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
本帖最后由 hh57910995 于 2020.2.19 13:22 编辑

做了6个不同发育时期的转录组测序,各3次重复,无参转录组。其中4、5时期取材时间比较接近。转录组结果出来,发现样品分析:4、5时期组间相关系数>0.97(各自组内相关系数均>0.99)、聚类分析也发现4时期有样本与5时期聚在一起、PCA也很接近。其他时期差异基因数量有几千至上万个,这两个时期差异基因有1000个。请教:
1、是否要剔除4时期的样本进行后续分析?
2、如果不剔除,是否要将4时期样本中与5时期聚类在一起的个体剔除?
3、如果剔除的话,是否要进行重新组装并进行差异基因的分析?
请大侠们解答,谢谢大家

回复

使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    昨天 10:31
  • 签到天数: 40 天

    连续签到: 5 天

    [LV.5]常住居民I

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    58
    奥币
    755
    积分
    715
    注册时间
    2017.12.20
    在线时间
    40 小时

    发表于 2020.2.19 13:52:01 | 显示全部楼层
    整合数据,将4,5数据挑选出比较好的三组作为一个时期进行分析即可,差异不大,4,5就挑一个数据进行分析,不用重新组装,但差异得按照你挑选的进行重新分析!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    该用户从未签到

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    1
    奥币
    63
    积分
    20
    注册时间
    2019.9.16
    在线时间
    14 小时

     楼主| 发表于 2020.2.19 17:12:53 | 显示全部楼层
    Tony001 发表于 2020.2.19 13:52
    整合数据,将4,5数据挑选出比较好的三组作为一个时期进行分析即可,差异不大,4,5就挑一个数据进行分析,不 ...

    好的,谢谢解答,我再根据您说的继续分析一下
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表